Como etapa final da Educação Básica, no Ensino Médio o aluno deve, mais do que dominar conteúdos, aprender a se relacionar com o conhecimento de forma ativa, construtiva e criadora. Para isso, seu currículo ancora-se nos princípios pedagógicos de identidade, diversidade e autonomia, interdisciplinaridade e contextualização.

No Motiva, o Ensino Médio é planejado em consonância com as características sociais, culturais e cognitivas dos alunos. A escola e o professor são considerados os responsáveis pela organização de situações que permitam, aos jovens,  estabelecer uma relação proveitosa e agradável com o conhecimento em transição para a vida adulta.

Cultura e arte são conteúdos dos quais os estudantes fazem uso para potencializar seus conhecimentos e ter uma leitura mais ampla do mundo em que vivem. Os esportes são também ferramentas de socialização dos educandos.

Esta pedagogia está embasa na superação da dicotomia entre conhecimento geral e específico, entre ciência e técnica na construção do conhecimento, o Colégio Motiva promove diversos momentos de formação, desenvolvidos pelas equipes da instituição, desencadeando ações para que a cultura específica e a geral sejam incorporadas plenamente pelos alunos e pelos educadores, tendo em vista a melhoria das condições de ensino e aprendizagem.

Com essa proposta, os alunos adquirem as condições necessárias para fazer suas escolhas, prosseguindo os estudos nos cursos de nível superior, além de contar com possibilidades de inserção no mercado de trabalho. O colégio incentiva a responsabilidade e o espírito empreendedor para que o aluno seja um cidadão atuante, saiba planejar seus objetivos e conquistar seu lugar no mundo.

Além dos conteúdos programáticos exigidos pelos Parâmetros Curriculares Nacionais para o Ensino Médio (PCNEM), o Motiva tem um projeto de orientação profissional (Vocare) e preparação para o vestibular estimulando debates, pesquisas, palestras sobre profissões e auxiliam na busca dos caminhos individuais.

A 3ª série do Ensino Médio apresenta uma grade curricular diferenciada e reforçada, com período de revisão no horário normal de aula e utilizando material exclusivo para os processos seletivos das principais universidades do país.